Монголд хэрэгжүүлэхээр зорьж буй дэд бүтцийн төсөл, хөтөлбөрийг байгальд ээлтэйгээр төлөвлөх, холбогдох стандарт, журмыг боловсронгуй болгох, аж ахуйн нэгж, байгууллагуудад зөвлөмж, чиглэл өгөх үүрэг бүхий ажлын хэсгийг БОАЖЯ, ЗТХЯ хамтран байгуулжээ. Ажлын хэсгийн анхны хурал “Төмөр замын бүтээн байгуулалт ба төлөвлөлт” сэдвээр өнгөрсөн даваа гарагт боллоо. Хуралд холбогдох яамдаас гадна “Оюутолгой”, “Тавантолгой төмөр зам”, “Зүүнбаян төмөр зам”, “Монголиан транс лайн”, “Бодь интернэшнл” ХХК, “Монголын төмөр зам” ТӨХК, “Улаанбаатар төмөр зам” ХХН, Дэлхийн байгаль хамгаалах сан, Байгаль, зэрлэг амьтан хамгаалах нийгэмлэг, Ирвэс хамгаалах сангийн төлөөлөл оролцож, санал бодлоо солилцон, туршлагаасаа хуваалцжээ.
Дэд бүтцийн ажлыг эхнээс нь стандарт, журамд нийцүүлэн төлөвлөж, бүтээн байгуулалт хийхдээ түүнийгээ ягштал мөрдөх хэрэгтэй гэсэн асуудлыг байгаль орчны байгууллагууд дэвшүүлсэн байна.
БОАЖЯ-ны Төрийн нарийн бичгийн дарга Э.Баттулга шугаман дэд бүтцийн бүх байгууламжийг амьтдад ээлтэй болгоход анхаарах шаардлагатайг онцлоод, он гарснаас хойш дэд бүтцийн томоохон зургаан төсөлд үнэлгээ хийж, гарц, гарам төлөвлөх шаардлага хүргүүлсэн гэв. Тус ажлын хэсгийнхэн улирал тутам хуралдаж, тулгамдсан асуудлуудаа хэлэлцэж байхаар тогтжээ.