Монгол Улсад хүүхдийн байгууллага үүсэж хөгжсөний 99 жилийн ой тохиож байна. Монгол Улсад залуучуудын санаачилгаар 1925 онд “Хойчийг залгамжлагч багачуудын холбоо” нэртэй хөдөлгөөн зохиолч Д.Нацагдоржоор удирдуулан байгуулагдсанаар хүүхдийн байгууллага үүсэн түүхтэй.
Монголын Хүүхдийн байгууллага нь 1925-1940 онуудад Монголын пионерын байгууллагын төв товчоо, 1940-1949 онд МХЗЭ-ийн төв хорооны сургууль, пионерын байгууллагын төв зөвлөл, 1991-2016 онуудад Хүүхдийн төлөө Үндэсний газар, 2016-2023 онд Гэр бүл, хүүхэд, залуучуудын хөгжлийн газар, 2023 оноос Хүүхэд, гэр бүлийн хөгжил, хамгааллын ерөнхий газар нэртэйгээр үйл ажиллагаагаа өргөжүүлэн явуулсаар байна.
Тус байгууллага нь ирээдүйн хүмүүнлэг, ёс зүйтэй, чадварлаг Монгол иргэн, гэр бүлийг бэлтгэх эрхэм зорилгоо амжилттай хэрэгжүүлж, хүүхэд хамгааллын үндэсний тогтолцоог бэхжүүлж, цогцлуулан хөгжүүлэхэд чухал хувь нэмэр оруулж байна.